Pengawasan mutu akademik dalam sebuah lembaga, tentunya sangat penting. Badan Penjaminan Mutu Akademik (BPMA) hadir sebagai badan internal UI dengan mengemban tugas tersebut. Pentingnya pengawasan mutu telah diisyaratkan oleh Pemerintah sejak tahun 1990 seperti yang tertera dalam PP No. 30 thn 1990 tentang Pendidikan Tinggi pasal 121. Cikal bakal Badan Penjaminan Mutu Akademik (BPMA) tertera dalam statuta UI 1992 pasal 21 dimana Universitas Indonesia membuat sebuah badan kelengkapan khusus tingkat universitas yang disebut Badan Audit Akademik (BAA). 

BAA akhirnya berdiri pada tahun 2002 melalui surat keputusan Rektor UI Nomor 123/SK/R/UI/2000 yang  mengatur tentang Struktur Organisasi dan Tatalaksana Badan Audit Akademik UI. Seiring berjalannya kajian mengenai penjaminan mutu dan audit mutu akademik, cangkupan tugas dari badan kelengkapan BAA lebih luas. Maka disepakati untuk mengubah nama Badan Audit Akademik menjadi Badan Penjaminan Mutu Akademik pada tahun 2004, melalui SK Rektor UI No. 012/SK/UI/2004 tentang Struktur Pelaksana Penjaminan Mutu Akademik Universitas Indonesia.