Pengawasan mutu akademik dalam sebuah lembaga, tentunya sangat penting. Direktorat Penjaminan Mutu Akademik (DPMA) hadir sebagai unit kerja UI yang mengemban tugas tersebut. Pentingnya pengawasan mutu telah diisyaratkan oleh Pemerintah sejak tahun 1990 seperti yang tertera dalam PP No. 30 thn 1990 tentang Pendidikan Tinggi pasal 121. Cikal bakal DPMA tertera dalam statuta UI 1992 pasal 21 di mana Universitas Indonesia membuat sebuah badan kelengkapan khusus tingkat universitas yang disebut Badan Audit Akademik (BAA). 

BAA berdiri pada tahun 2002 melalui Surat Keputusan Rektor UI Nomor 123/SK/R/UI/2000 yang  mengatur tentang Struktur Organisasi dan Tatalaksana Badan Audit Akademik UI. Seiring berjalannya kajian mengenai penjaminan mutu dan audit mutu akademik, cakupan tugas dari badan kelengkapan BAA menjadi lebih luas. Oleh karena itu, nama BAA diubah menjadi Badan Penjaminan Mutu Akademik (BPMA) pada tahun 2004 melalui SK Rektor UI No. 012/SK/UI/2004 tentang Struktur Pelaksana Penjaminan Mutu Akademik Universitas Indonesia.

Sejak pertengahan Desember 2024, Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) UI kembali mengalami transformasi. Kini, fungsi SPMI UI dijalankan oleh DPMA di bawah koordinasi Kepala Badan Penjaminan Mutu dan Pengawasan Internal.